Komorní scéna vznikla v září 2010 přebudováním nevyužitých prostor, které byly postaveny v roce 1954. Její stav ale neodpovídal pořadovaným kritériím a tak byla v roce 2012 na rok uzavřena a zrekonstruována. Dne 20. dubnu roku 2013 byla slavnostně otevřena. Do roku 2015 tento divadelní prostor spravovala Nezávislá divadelní společnost BOUDA z. s., která postoupila Nezávislému divadlu na základě ukončení činnosti, tyto prostory.

1. ledna 2016 se otevřela Komorní scéna Nezávislého divadla, která slouží, jako domovská scéna divadla, ale také pro pořádání dětských divadelních představení pro děti a rodiče, kulturních a kulturně - vzdělávacích akcí a pořadů. Pořádají se zde i večerní zábavní pořady se známými osobnosti české kulturní scény.